1.新建两个EXCEL工作表，整理样品数据，其中包括环境变量与生物因子两个数据表,整理完成后，分别复制这两个工作表的数据区域
2.电脑左下角点选开始-CANOCO for windows-WcanoIMP,打开界面后选择save in condensed format后点击SAVE
3.点击保存按扭后，之前在EXCEL复制的两个数据表会保存为两个DAT文件，ENVIRON.DAT与SPECIES.DAT，用记事本可以打开这两个文件
4.电脑左下角点选开始-CANOCO for windows-canoco for windows （版本号）打开canoco软件
5.菜单栏点选FILE-NEW PROJECT打开AVAILABLE DATA界面，点选SPECIES AND ENVIRONMENT DATA AVAILABLE，以及EXTRACT PATTERNS FROM THE EXPLAINED VARIATION ONLY后点下一步
6.弹出DATA FILES的窗口，SPECIES与ENVIRONMENT这两项分别点击BROWSE选择之前保存的两个DAT文档
7.建立一个空的文本文档，将后缀改为.sol。在回到DATA FILES窗口，在Canoco solution file name下点击Browse选择这个文档即可。然后点击下一步进入TYPE OF ANALYSIS界面
8.点选LINEAR下的RDA选项，然后点击下一步
9.到GLOBAL PERMUTATION TEST界面，点选如下图设置，再点击下一步
10.SCALING:LINEAR METHODS界面，focus scaling on 选择inter-species correlations, species scsores任意选一个，两个选项结果差不多，点击下一步
11.进入TRANSFORMATION OF SPECIES DATA对话框，点选LOG TRANSFORMATION这一项，A与B均设置为1.0，点击下一步
12.进入CENTERING AND STANDARDIZATION对话框，SAMPLES点选NONE, SPECIES点选CENTER BY SPECIES.点击下一步
13.进入DATA EDITING CHOICES对话框，根据需要点选即可，如下图解释，选择后点击下一步
14.进入FORWARD SELECTION OF ENVIRONMENTAL VARIABLES, 点选AUTOMATIC SELECTION或MANUAL SELECTION以及USE MONTE CARLO PERNUTATION TESTS
15.点击下一步后进入FINISH OPTIONS，点选后点击完成按扭，设置参数会保存为.con文件，选择保存路径与名称后点击保存按扭
16.弹出PROJECT对话框，点击ANALYZE按扭开始分析
17.如果第14步点选MANUAL SELECTION，此时会弹出手动预选的对话框如下图，选择左侧变量点击INCLUDE VARIABLE将变量加入分析项中，完成后点STOP SELECTION完成
18.最后在LOG中显示分析结果，保存LOG文件为.con文件
19.用CanoDraw for windows打开分析结果CON文件，保存作图结果在CDW文件中菜单栏点选CREAT-BIPLOT AND JOINT PLOTS-SPECIES AND ENV.VARIABLES，美化排序图即可菜单栏点选FILE-EXPORT选择导出格式后导出分析结果图 sol分析
发表于 2022-9-11 07:57:57
